毕业论文查重率与学校声誉之间存在一定的关系。毕业论文作为学生的重要学业成果，其查重率的高低直接关系到学校的教育质量和学生的学术水平。如果学校对毕业论文的要求不高，或者学生自身学术水平不够，那么毕业论文的查重率就会很高，这会直接影响到学校的声誉。因此，学校应该加强对毕业论文的要求和管理，提高学生的学术水平，从而提高学校的声誉。

此外，毕业论文的查重率也与学校的学术诚信有关。如果学校存在学术不端行为，比如抄袭、剽窃等，那么毕业论文的查重率就会很高。而学校的声誉也会因此受到影响。因此，学校应该加强学术诚信教育，严格打击学术不端行为，从而提高学校的声誉和毕业论文的质量。